性能評価の検査と第三者検査はやる事は一緒ですか？また、瑕疵保証の第三者検査とどう違いますか。

瑕疵保証検査や民間検査機関の中間検査よりは、性能評価の検査は細かく見ているようです。
ただし、性能評価の検査は申請された評価項目どおりかの検査が中心で基本的には施工ミスを探すものではありません。
業者から依頼した検査では会社間で甘えが出る可能性が高いです。
施工ミスや欠陥住宅を防ぎたい場合は、当社のようなお客さんから依頼する第三者検査をお勧めいたします。
　　　
性能評価をしている民間指定確認検査機関を日本弁護士連合会は平成１８年２月に同機関制度の廃止を提言しました。
理由は、民間検査会社は競争の原理の上に立って「甘く緩い」業務を売りにして顧客（業者）の獲得を目指さなければならない（少なくともそういう誘惑を内在させる）からです。
お客様が自分で依頼する検査にこそ業者への癒着がなく信頼が出来ると思います。